2023年10月 – 至今中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院 研究員
2017年02月 – 2023年10月美國國立衛(wèi)生研究院(NIH) / 博士后(Postdoctoral Fellow)、專職研究員(Research Fellow)
2014年10月 – 2017年02月梅奧醫(yī)學(xué)中心(Mayo Clinic)/ 專職研究員(Research Fellow)
2009年08月 – 2014年07月中國科學(xué)院北京基因組研究所/博士
2005年09月 – 2009年06月華中科技大學(xué)/學(xué)士
課題組主要研究數(shù)字細(xì)胞大模型，模擬細(xì)胞動態(tài)和擾動響應(yīng)，并解析其調(diào)控機(jī)制，具體研究內(nèi)容包括：
1）系統(tǒng)整合多組學(xué)大數(shù)據(jù)，構(gòu)建細(xì)胞表征與狀態(tài)預(yù)測的深度學(xué)習(xí)模型和算法；
2）建立細(xì)胞數(shù)字孿生體系，模擬發(fā)育與穩(wěn)態(tài)、疾病發(fā)生與藥物干預(yù)過程中的細(xì)胞動態(tài)與擾動響應(yīng)；
3）解析轉(zhuǎn)錄因子與調(diào)控元件間的作用規(guī)則，揭示細(xì)胞動態(tài)演化過程的細(xì)胞特異性調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其作用機(jī)制。
為實(shí)現(xiàn)這些研究內(nèi)容，課題組將采用多學(xué)科的方法和技術(shù)，包括深度學(xué)習(xí)、生物信息學(xué)、基因組學(xué)、CRISPR基因編輯、高通量篩選、以及各種測序技術(shù)。
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說明： #為共同第一作者，*為通訊作者
1.???? Yongbing Zhao#*. TFSyntax: a database of transcription factors binding syntax in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2023?
2.???? Yongbing Zhao#*, Supriya V. Vartak#, Andrea Conte#, Xiang Wang#, David A. Garcia#, Evan Stevens, Seol Kyoung Jung, Kyong-Rim Kieffer-Kwon, Laura Vian, Timothy Stodola, Francisco Moris, Laura Chopp, Silvia Preite, Pamela L. Schwartzberg, Joseph M. Kulinski, Ana Olivera, Christelle Harly, Avinash Bhandoola, Elisabeth F. Heuston, David M. Bodine, Raul Urrutia, Arpita Upadhyaya, Matthew T. Weirauch, Gordon Hager and Rafael Casellas*. "Stripe" transcription factors provide accessibility to co-binding partners in mammalian genomes. Molecular Cell, 2022?
3.???? Yongbing Zhao*, Jinfeng Shao, Yan W Asmann*. Assessment and Optimization of the Interpretability of Machine Learning Models Applied to Transcriptomic Data. Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 2022
4.???? Yongbing Zhao#, Jinyue Wang#, Fang Liang, Yanxia Liu, Qi Wang, Hao Zhang, Meiye Jiang, Zhewen Zhang, Wenming Zhao, Yiming Bao, Zhang Zhang, Jiayan Wu, Yan W Asmann, Rujiao Li, Jingfa Xiao. NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species. Nucleic Acids Research, 2019?
5.???? Gaihua Zhang#, Yongbing Zhao#, Yi Liu#, Lipin Kao, Xiao Wang, Benjamin Skerry, and Zhaoyu Li. FOXA1 Defines Cancer Cell Specificity. Science Advances, 2016
